智者《金光明经玄义》卷上以譬喻释「金光明」之名中有云：
经言法性无量甚深，理无不统。文称经王，何所不摄？岂止于三三九法耶？〔案：不止于三身、三德、三位这三种三法，如真谛之所说。此承前破而来，故如此云。三位即缘因位、了因位、正因位之三位。〕当知三字〔案：指金光明三字〕遍譬一切横法门，乃称法性「无量」之说，遍譬一切竖法门，乃称法性「甚深」之旨：方合经王一切遍收，若长若广，教无不统。此义渊博，不可以言想。且寄十种三法以为初门。复为三意：一标十数，二释十相，三简十法。〔由十二因缘分说苦道、业道、烦恼道，名为三道〕
言标十数者，谓三德、三宝、三涅槃、三身、三大乘、三菩提、三般若、三佛性、三识、三道也。诸三法无量，止取此十法，其意云何？此之十法赅括始终。今作逆顺两番生起。
初，「从无住本立一切法」：夫三德者名秘密藏。秘密藏显，由于三宝；三宝由三涅槃；三涅槃由三身；三身由三大乘；三大乘由三菩提；三菩提由三般若；三般若由三佛性；三佛性由三识；三识由三道，此从法性立一切法也。
若从无明为本立一切法者，一切众生无不具于十二因缘。三道迷惑；翻惑生解，即成三识。〔智者承真谛所传唯识学，以庵摩罗识，阿黎耶识，阿陀那识为三识〕。从识立因，即成三佛性。〔缘因、了因、正因为三佛性〕。从因起智，即成三般若。〔实相、观照、方便〕。从智起行，即成三菩提。〔真性菩提、实智菩提、方便菩提〕。从行进趣，即成三大乘。〔理乘、随乘、得乘〕。乘办智德，即成三身。身办断德，即成三涅槃。〔性净涅槃、圆净涅槃、方便净涅槃〕。涅槃办恩德利物，即成三宝。究竟寂灭，入于三德，即成秘密藏也。〔法身、般若、解脱为三德〕。
案：此十种三法，原文「释十相」中有详释，今略。《法华玄义》卷第五下释「三法妙」中，更有详释，且更有系统。读之可知天台宗所立之名相。以上逆顺两推，「从法性立一切法」是逆推，「从无明为本立一切法」是顺推。前者由三德说起，是从正面说，故曰「从法性立一切法」。从三德逆推至三佛性，皆是正面的法性法，但三识却不一定。庵摩罗识为第九清净识，固是法性法，但第八阿黎耶识与第七阿陀那识却是染污识，如何能说是正面的法性法？智者于此不顺唯识系分解表示的说法说，乃直视此三识为「智慧之异名」，顺「无明即法性」，而直从正面说。至于三道亦然。三识三道是关键性的两门，须引原文之释明之，如下：
云何三识？识名为觉了，是智慧之异名尔。庵摩罗识是第九不动识。若分别之，即是佛识。阿黎耶识即是第八无没识，犹有随眠烦恼与无明合。别而分之，即是菩萨识。《大论》云：「在菩萨心，名为般若。」即其义也。阿陀那识是第七分别识，诃恶生死，欣羡涅槃。别而分之，是二乘识；于佛，即是方便智。波浪是凡夫第六识，无俟复言。当知三识一一皆常乐我净，与三德无二无别。既以金光明譬三德，还以金光明譬三识也。
若依分解的说法，这当然不行。人可斥为此是一种搅混，丧失原义。宗玄奘所传之唯识者，欲复印度佛学之旧，故斥中国佛学，如天台此类说法，为迷失佛法。殊不知天台大师之所以如此说，乃是依判教底立场，顺「无明即法性」之思路而说圆教。若依通教别教，自可分解地说。若「无明即法性」一语不悖《经》意，则视三识为「智慧之异名」，不得视为搅混，迷失佛法。
知礼《金光明经玄义拾遗记》卷第二解释智者此段文云：
九、三识，二：〔案：此解可谓透辟。了此，可无惑于三识即智〕
初，约圆释义：
释通名云：识是觉了，智慧异名。
问：三识之名在本有位，又阿梨耶体是无明，阿陀那性是染惑，何得云识是智异名？
答：大圣悉檀，示诸众生显理名教，或存或废，义有多途。如《大经》令依智不依识，及诸教中劝修观智，断诸烦恼，此以废恶之名诠断烦恼而成理观也。若《楞伽经》杀无明父，害贪爱母，此以恶逆之名诠断烦恼而彰理观也。若《无行经》：「贪欲即是道，恚、痴亦复然，如是三法中，具一切佛法」，今家释云：是大贪、大嗔、大痴三毒法开即与三观无二无别，此以恶毒之名诠不断惑而明理观也。今以三识及下三道为金光明所喻法者，同《无行经》，用于恶名诠不断惑而显妙理。良由圆教指恶当体即是法界，诸法趣恶。十二因缘非由造作，即是佛性。故陀那惑性，赖耶无明，相相圆融，与秘密藏无二无别。是故得云识是觉了，智慧异名。然若不以不断烦恼，即惑成智，消此文者，圆意永沉！。〔荆溪《止观辅行传弘决》，简称《辅行》，或《辅行记》〕
释别名中，存三梵语。逐一释义，即是翻名。言「第九」等者，出《梁摄论》，真谛所译。故《辅行》云：「真谛云：阿陀那七识，此云执我识。此即惑性，体是缘因。阿赖耶八识，此名藏识，以能盛持智种不失，体是无没无明。无明之性，性是了因。庵摩罗九识，名清净识，即是正因。唐三藏不许此识，云第九乃是第八异名。故新译摄论不存第九。地论文中亦无第九，但以第八对于正因，第七对于了因，第六对于缘因。今真谛仍合六、七为缘因，以第六中有事善恶，亦是惑性」。〔案：此即别教义〕
「若分别」者，为易解故，以一念中所具之法，教道权说，分对诸位，且立远近。以第九识无染不动，故当于佛。第八属菩萨者，以十地位，六、七二识已转成智，正以赖耶三分为境。虽是境界，而即用此便为观智。如初心人，亦用现前第六王数而为境观。故引大论「在菩萨心名般若」也。第七名阿陀那者，据真谛译。若新经论，皆云第七名为末那。今依古译。言「诃恶生死」等者，以二乘人，人执既忘，见思所熏第六事识转成无漏。既尘沙未破，正住第七法执之中，不了生死法空，故有「诃恶」。不了涅槃法空，故有「欣羡」。此识若于果佛位中，却复用之而为权智，以二乘法接引小根；著蔽垢衣，执除粪器。故知诸识破后，自在为机载用也。「波浪」等者，第六识也。《楞严》云：「陀那微细识，习气成暴流」。而为波浪，乃当凡夫心心数法也。此约四人，各对一识。若就渐断，分别四相，粗必含细。凡夫具四。二乘具三，已破第六故。菩萨具二，六七已转故。佛唯有一，第八至果已转故也。然其第六是意家之识，乃阿陀那之枝末。若说第七，自己收之，故今不论。
上明三识分三位者，乃属教道。若称实论，此三种识即是三德。何人不具？何物暂亏？若识若色，唯是一识。若识若色，唯是一色。岂可有无增减而说？且约有情一念心具一切染净，佛究竟具，宁容独一？若不然者，岂为三字所譬之法？
二、例余对喻：
例三德者，
问：三德与三识无二无别者，三德修性有离有合，今明三识有离有合耶？
答：有。
又问：《不二门》云：「顺修对性，有离有合」。三识之中，七八二识迷九而起，是逆修义，岂得对性辨乎离合？
答：离此逆修立顺修者，则有惑可破，有智能观。能所既存，此修名逆，何顺之有？。若即七八为顺修者，既无所破，亦无能观；惑智既忘，修性亦泯。而其三识一异同时，无逆顺中强名为顺，是故得云：识是觉了，智慧异名。今文三识，明此顺修。此修对性辨离合者，九具八七名为性三，八具七九及七具八九名为修三。各三之义，是为离也。今合性三，但明第九；各合修三，但明七八：是为合也。离合既尔，故与三德及诸三法无二无别。乃以三字喻今三识。〔案：此即所谓「例余对喻」。〕
案：知礼此解，可谓得意。说识是智慧异名，「良由圆教指恶当体即是法界，诸法趣恶」，此乃「不断烦恼，即惑成智」，「是故得云识是觉了，智慧异名」。此是释通名（通名为识）中之要义，极为精采，须当注意。至于释别名中，三识分别解说，三识分属三人，乃是教道权说，此则易解。「例余对喻」中言及顺修逆修。「例余」者例通三德及其他一切三法也。「对喻」者合「金光明」三字之喻也。就三识，若取分解的说法，以第九净识为标准，破七八方显，此正是逆修义，亦同缘理断九，「何顺之有」？若顺圆教称实而论，则三识只是一识，迷则为识，悟则为智，当体即识，当体即智。此为「即七八而为顺修，既无所破，亦无能观，惑、智既忘，修、性亦泯；而其三识一异同时，无逆顺中强名为顺，是故得云：识是觉了，智慧异名」。「顺」者顺即七八而当体即智，不必破七八单显第九也。若谓七八迷九而起，是逆修义，离开此逆修而别立顺修，「则有惑可破，有智能观，能所既存，此修名逆，何顺之有」？此则正是别立顺修而并无顺修也。若即七八而为顺，是则逆即顺，「无逆顺中强名为顺」。此仍是「无明即法性」，故三识即是法性法，故云「从法性立一切法」也。此是由三德法性法逆推至三识亦法性法。至此三识以及下之三道，须以「即无明为法性」（无明即法性）为纲领。若由三道三识起，而谓「从无明为本立一切法」，则在此三道三识须以「法性即无明」（即法性为无明）为纲领，由此起顺修，由顺修立一切法也。修性对言以及修性不二，见下荆溪《十不二门》。此处所论不以此为主。
智者于《简十法》中，对此三识复作料简云：
料简三识：若分别说者，则属三人。此乃别教意，非今所用。若依摄论如土染金之文，即是圆意。土即阿陀那，染即阿梨耶，金即庵摩罗，此即圆说也。
问：如《经》云：「依智不依识」，既云三识，此那可依？
答：《经》言：「不依识」者，是生死识。今则不尔。今言依识者，是智之异名，名清净识。又，道前通名为识，道后转依即是智慧，未详。
知礼《金光明经玄义拾遗记》卷第三解释此料简云：
九、简三识。若分三识，陀那属声闻，梨那属菩萨，庵摩属佛，此乃教道分张，次第断相。若庵摩是本性，无明迷故，生业转现，名阿梨耶，复执见分起我见，我爱，我慢，我痴，名阿陀那，此乃三识次第起相，皆是教道，非今所譬。若欲圆论，须依《摄论》〔《摄大乘论》〕金土及染三不相离，则于声闻，菩萨，及佛三人心中，皆具三识。
大师犹恐寻此喻者，作真妄二法相合而解，谓除土存金，至佛唯有庵摩罗识，故据《大经》「依智不依识」而为问端。为欲答出三识乃是三智异名，则土喻陀那，是方便般若；染喻梨耶，是观照般若；金喻庵摩，是实相般若。至佛究竟三种净识，岂但一耶？然若不知性具染恶，安令七八──土之与染，至果不灭？
「又，道前」等者，地前名道前，皆依烦恼及以生死，故八心王通名为识。佛果为道后，转依四智菩提种子，是故八识转名四智。转第八识为大圆镜智，转第七识为平等性智，转第六识为妙观察智，转前五识为成所作智，故云「转依即是智慧」。注「未详」者，潜斥之意耳。以彼所明道后转依，熏成种子，转成智慧，不言八识性是妙智，斯是唯识一途教道，非今所譬。然是菩萨所造之论，不欲显言，故但注「未详」。如诸文中破古，多云「此语难解」。故知「未详」不异「难解」。
案：言庵摩罗识是真谛所传之唯识学，无著《摄大乘论》本身并无此义。智者言三识是智之异名是根据真谛学──即当时所谓摄论宗而说。庵摩罗识亦名无垢识，亦名自性清净心。故真谛学犹近乎《起信论》。若依天台判教，此当属于别教。只言八识以及转八识成四智，（《摄大乘论》以及世亲之《唯识三十颂》，奘传之《成唯识论》，皆如此，此是奘传之唯识学），此当属于通教，亦不必斥之。（智者固未及见奘传之唯识学，但《摄大乘论》，他当见及）。智者言识「是智之异名」，是依「无明即法性」之思路而谈圆教，既非真谛之超越的分解，亦非奘传唯识学之经验的分解（心理的分解）。在「无明即法性」之思路下，只是一识一心。偏于法性说是智，偏于无明说是识。一识分三识，只是一识之三相；一智分三智，只是一智之三相。「无明即法性」，识当体是智。「法性即无明」，智当体是识。故取《摄论》金土藏之喻以明「三不相离」。「声闻，菩萨，及佛，三人心中皆具三识」。佛不但是一庵摩罗识。若只是一净识，仍是缘理断九，是别教意。故知礼云：「若不知性具染恶，安令七八土之与染至果不灭？」若只是转八识成四智，则是通教意，距圆尤远。分解的表示无论是何方式，超越的或经验的，其分解无论如何详密，对于此圆教的思路皆不生影响。焉能据奘传之唯识学而谓天台迷失佛法耶？
三识是智之异名，乃据「无明即法性」说，故亦属于「从法性立一切法」。至于三道，尤其显然。智者释三道云：
云何三道？过去无明、现在爱、取，三支是烦恼道。过去行，现在有，二支是业道。现在识、名色、六入、触、受、未来生、老死，七支是苦道。道名能通。此三更互相通，从烦恼通业、从业通苦、从苦复通烦恼，故名三道。苦道者谓职、名色、六入、触、受。大经云：「无明与爱，是二中间，名为佛性」。中间即是苦道。名为佛性者，名生死身为法身，如指冰为水尔。烦恼道者，谓无明、爱、取。名此为般若者，如指薪为火尔。业道者，谓行、有，乃至五无间。皆解脱相者，如指缚为脱尔。当知三道，体之即真，常乐我净，与三德无二无别。既以金光明譬三德，还以金光明譬三道也。
知礼《拾遗记》卷第二解释此段文云：
经旨痴爱中间五果为佛性者，盖于报法易显正因，故以此五果虽有触、受，未生爱、取，就此色心，显正因体，易成妙观。如《摩诃止观》初观阴境，其意亦然。凡明观法，初多就易。易处观成，无难不晓。大师得意，故例惑、业，皆是佛性，即是缘了二因性也。〔惑即烦恼道，由此立了因佛性。由业道立缘因佛性〕。举三喻者，世间物象比于妙理，皆是分譬。须将法定，方显偏圆。如《如来藏经》九喻，止观喻别，余文喻圆。今冰水等亦兼圆别。何者？若谓结佛界水为九界冰〔随缘作九〕，融九界冰归佛界水〔破九显理〕，此犹属别。若知十界互具，如水；情执十界，局限如冰。融情执冰，成互具水，斯为圆理。薪火，缚脱，其例可知。故知十二缘轮回之法，谓实，则三障确尔；情虚，则三德圆融。于十二缘不损毫微，全为妙境，即惑、业、苦一一通彻法界边底，是名三道。欲显此三圆融义故，名从胜立，故云法身、般若、解脱。但转其名，不改法体。其实只是当体通彻耳。
案：以上引智者与知礼文以明三识三道何以属法性法而云「从法性立一切法」。从三德到三道，是为逆推，此是「从法性无住本立一切法」。「立一切法」者，知礼解为「立一切教法」也。从三道到三德，是为顺修，此是「从无明无住本立一切法」。此「立一切法」，知礼解为「立一切行法」也。今再点之曰：前者以「无明即法性」为纲领，后者以「法性即无明」为纲领。「无名即法性」，则法性之显不待离无明而显，此所谓「理显由事」。「法性即无明」，则由无明顺修，亦不待断九界冰归佛界水，此所谓「即妄归真」。故知礼《拾遗记》卷第二解此逆顺两番生起云：
二、正生起，二：初，约施教逆推，理显由事。二、约立行顺修，即妄归真。此二生起，初，从法性无住本立一切教法；二、从无明无住本立一切行法。〔「立于」是主动语，非被动语〕
问：法性无住立于教法，依何文说？〔案：即智者原文「当体得名」章，此是对于金光明作当体释，非譬喻释〕
答：此文当体章明诸圣人依真立名，乃引净名「从无住本立一切法」。既引此证依真立名，岂非法性无住故立一切教耶？然若具论，从无住本立一切法，不出四重。如《妙乐》云：「理则性德缘了，事则修德三因，迷则三道流转，悟则果中胜用。如是四重，并由迷中实相而立」。〔案：《妙乐》即指荆溪《法华文句记》而言，此数语见卷第七下〕今之初番是彼第四「果中胜用」；今之后番是彼第二「修德三因」。〔案：「显于」是主动语，非被动语。〕
问：初番生起，始从秘藏，终至三道，合当「迷故三道流转」，何以却对「果中胜用」立教法？
答：今云秘密藏显由三宝等，岂可迷理而由三宝及诸三法等耶？故知须作依理起教释之方允。况今逆顺二种生起，与《法华文句》释开示悟入，约位、智、门、观四义生起逆顺意同。故彼文句云：「见理由位，位立由智，智发由门，门通由观。观故则门通，门通故智成，智成故位立，位立故见理」。《记》释云：「此逆顺生起者，初明所由于能，次明能显于所」。今文初番岂非「所由于能」？次番岂非「能显于所」耶？得此意已，方可消文。〔十种三法〕
初文者，三德之理是佛极证，绝乎名相，曰秘密藏。此藏得显，功由觉智舆不觉理合，是故如来示现三宝。而其三宝立由断德，故说三涅槃。涅槃得成复由智德，故说三身。身由乘至，故说三大乘。乘由行通，故说三菩提。菩提由智照，故说三般若。般若由性发，故说三佛性。性种元由解了名义，故说三识。识解本由三障即理，故说三道。都由三德秘密法性无坚住性，是故大圣以此法性无住为本，立九名相及一切教法。此番生起为后解释十法立也。〔案：此番生起即约教逆推，理显由事〕。〔案：此番生起即约立行顺修，即妄归真。十重观心即《摩诃止观》以十法门观心也。具如彼说〕
释次文者，上辨大觉证三德藏，以无住故，立诸教法，极至三道。今辨众生处于三道，由无住故，成诸行法，极趣三德。三道复以无明为始，无明明故，业苦皆转。转迷成解，了别圣言，故成三识。解为乘种，即名佛因，故成三佛性。种熏本觉，故发智慧，名三般若。智能导行，行大直道，成三菩提。智行契性，无不运荷，成三大乘。乘办报智，上冥下应，即成三身。身永离惑，不生不灭，名三涅槃。断德自在，施恩利物，故现三宝。利物功成，自他休息，同归三德。此番生起为后十重观心立也。。
案：以上由《金光明经玄义》详展「从无住本立一切法」，引文明示，至此已尽，不烦再引。以下再由《法华经》文之解释以明之。